طبق قانون اساسی سال 59 یکی از شروط رهبری مرجعیت بود که با نظر امام خمینی در اصلاح و بازنگری سال 68 به صرف داشتن اجتهاد تغییر یافته بود ولی قبل از اینکه این اصلاحات و قانون به رفراندوم در آید، حضرت امام خمینی ره ارتحال نمودند و به همین دلیل مجلس خبرگان در اجلاس ابتدایی خود جهت انتخاب رهبری از کلمه موقت استفاده کردند تا قضیه رفراندوم قانون اساسی و در واقع بحث اجتهاد و یا مرجعیت مشخص شود، چون در صورت عدم تصویب قانون اساسی جدید، باید بر اساس قانون اساسی 59 [قبلی] عمل می شد و یکی از شروط رهبری مرجعیت تام بود که در شخص آیت الله خامنه ای متعین نبود لذا مجلس خبرگان باید نسبت به انتخاب رهبری جدید که دارای مرجعیت بالفعل بود اقدام می کرد ولی در صورتیکه اصلاحات قانون اساسی 68 به تصویب می رسید بحث مرجعیت بالفعل حذف و صرف اجتهاد مکفی بود. و بر این اساس رهبری آیت الله خامنه ای بدلیل کسب تمامی شرایط مندرج در قانون اساسی، خود به خود نافذ می شد.

همه‌پرسی بازنگری قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران در تاریخ ۶ مرداد ۱۳۶۸ با ۹۷٫۵٪ رای به تصویب مردم ایران رسید. و عملا رهبری ایشان قطعیت یافت ولی مجلس خبرگان رهبری برای دوری از هرگونه شبهه در آینده، با اجلاس فوق العاده در مورخه 15 مرداد 68 بر اساس قانون اساسی جدید دوباره نسبت به انتخاب حضرت آیت الله خامنه ای به رهبری اقدام کرده و رهبری ایشان را در اجلاسیه فوق العاده مورخه 1368/05/15 با اکثریت قاطع یعنی 60 رای موافق از 64 نفر حاضر در جلسه، تائید و تاکید و قطعیت بخشیدند.